Sekolah Dasar di Bunayya Islamic Montessori School dijalankan untuk mencapai kompetensi komprehensif seperti tersebut dalam bab Kurikulum diatas.
Kurikulum ini diimplementasikan dalam seluruh sistem sekolah, melibatkan interaksi seluruh siswa, guru, orang tua maupun staf manajemen sekolah, disetiap tingkatan. Kegiatan belajar Sekolah Dasar meliputi bidang Akademik, Wirausaha, Life-skills dan Agama Islam, yang seluruhnya dimasukkan dalam materi utama, yaitu Pendidikan Agama Islam. Bahasa Inggris diberikan mulai kelas 3, oleh guru “native speakers”. Pendidikan di Sekolah Dasar ini mengadopsi metoda Montessori, metode Inquiry serta Active Learning.
Bunayya Islamic Montessori School menggunakan Kurtilas.

Dalam rangka memperkuat pondasi pengetahuan dasar, khusus untuk materi IPA dan Matematika, Bunayya Montesori mengadopsi materi Cambridge. Pendekatan ini terbukti efektif, siswa mengikuti mata pelajaran  Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam dengan penuh semangat. Penyampaian setiap topik, mengedepankan fun learning dan pematangan konsep.  Tidak ada Pekerjaan Rumah di Bunayya Montesori, semua materi disampaikan di sekolah sehingga memberikan ruang pada siswa untuk tetap pada dunianya yaitu Dunia Bermain sesuai usianya.

Bunayya Montessori sangat serius dalam pendidikan agama. Pendidikan agama Islam menjadi salah satu fokus utama, serta mendapat porsi waktu yang cukup besar yaitu 38% dari volume waktu pendidikan.

Pendidikan anak di SD ini dilakukan dengan perbandingan guru : siswa = 1 : 8-10, sehingga guru akan dapat memantau dan memandu perkembangan setiap individu siswa secara detail serta akurat sehingga dapat melakukan evaluasi regular dua hari per minggu dengan panduan Kepala Pendidikan dan Kepala Sekolah.
Untuk menyempurnakan pendidikan ini, secara berkala dilakukan kegiatan ‘parenting’, yaitu pertemuan seluruh orang tua siswa dengan guru, melibatkan pembicara tamu yang membahas dan belajar bersama untuk berbagai aspek yang berkaitan dengan panduan praktis pendidikan anak, misalnya a.l mempersiapkan anak menuju pubertas, kesehatan anak, kesulitan belajar dll, termasuk hal-hal teknis materi pelajaran sekolah. Parenting oleh Psikolog (klinis) juga diadakan per kelas (per 3 bulan). Seluruh siswa Bunayya Montessori telah menjalani test psikologi yg di-update tahunan, sehingga Psikolog dan Guru dapat memiliki informasi yg akurat dan up to date untuk mendukung kelancaran belajar setiap individu siswa.

Untuk mengoptimalkan keterlibatan para orang tua agar tetap terlibat pada pendidikan putra-putrinya ditengah kesibukannya, Bunayya Montessori menyiapkan sarana “Belajar bersama ayah bunda” yaitu tugas ringan yang diselesaikan siswa dirumah bersama Ayah Bunda.

Kegiatan ekstra kurikuler wajib meliputi:

Bahasa Inggris (pengajar native speakers), Berenang (pengajar pelatih renang), Pramuka, Bahasa Arab (pengajar alumni Fakultas jurusan Bahasa Arab UIN Hidayatullah), Praktek ibadah setiap hari : shalat dhuha, shalat dhuhur berjamaah, dzikir Asmaul Husna, hafalan surah – surah pada Juz 30 beserta artinya, bimbingan Tahsin dan Tahfizh Al Qur’an dengan Tallaqi sanad Matan Tuhfatul Atfal dan Matan Jazari, dan shalat Jumat di masjid.

Ekstra kurikuler pilihan:  Futsal, Marawis, Seni lukis, Kids Science club, Kelompok berkebun, Robotics club, Seni tari, Panahan.

Saat ini sekolah ini juga didukung dengan Talents mapping yang sangat berguna untuk panduan pengembangan potensi setiap individu siswa, yang tentunya akan berbeda antara potensi satu siswa dengan siswa lainnya. Dengan demikian maka dalam proses belajar setiap siswa akan dapat menjalani beberapa kegiatan sesuai dengan jenis potensinya, sehingga dapat diharapkan potensi siswa tersebut akan dapat berkembang secara maksimal (pendekatan tailor made).

Sekolah Dasar Bunayya Montessori dirancang juga sebagai ‘Sekolah ramah disleksia’, lihat  https://id.wikipedia.org/wiki/Disleksia